Однако если чуть-чуть замедлить темп и вдумчиво оглядеться, то помимо некоторых приятных аллюзий отсылающих к City-17, замечаешь полную алогичность происходящего. Нет логики в отряде солдат и хедкраб-зомби, которые дожидаются игрока в разных углах одного помещения, при этом абсолютно не конфликтуя друг с другом. Отсутствует она и в двух перепуганных повстанцах, оказавшихся в пригороде Сity-18, кишащего всякой нечистью. И даже заросшие деревьями канавы, ведущие от железнодорожной станции до City-18, заставляют задуматься, кем и зачем они были выкопаны. В отличие от Half-Life 2, которая хороша тем, что состоит из полностью разных фрагментов окружения, плавно перетекающих друг в друга, Penetration представляется винегретом из совершенно различных стилей и пейзажей. Картину дополняет сжатость локаций и обилие врагов, появляющихся с неожиданностью чёрта из табакерки прямо перед игроком. Нет связности происходящего, нет логики, и как следствие, полностью отсутствует атмосфера игры.