Она рассказывает, что её отца держат "где то там", имея в виду главное здание бывшей тюрьмы. Об этом здании известно очень не много, но всё что известно всё очень плохо. После этого она открывает дверь и идёт к пульту управления. Идём за ней. После поездки на лифте помогаем Аликс убить всех солдат, и проходим чуть дальше. А вот и пульт управления. Отсюда Аликс находит саркофаг своего отца и отправляет его к месту встречи в комнате чуть дальше. Опять придётся убить несколько солдат.

Возможный путь отхода только один — через телепорт Альянса в лабораторию доктора Кляйнера. Возможный потому, что не известно в рабочем состоянии телепорт Иссака Кляйнера или нет. В общем, как говорит Аликс, хуже уже точно не будет. После короткой беседы Аликс отправляет саркофаг своего отца к телепорту Альянса, а сама остаётся здесь, чтобы помогать нам по радиосвязи в дальнейшем прохождении.

Проходим в дверь, которую открывает Аликс. В комнате слева два быстрых хедкраба и патроны для револьвера. Завал расчищаем гравитационной пушкой, или монтировкой. За дверью на мониторе можно увидеть Аликс. Она и откроет решётку слева. Следующую решётку она открыть не сможет, так что можно сразу не теряя времени идти в комнату, откидывать шкафы от стены и лезть в вентиляцию. За поворотом два хедкраба. Внизу ещё один.

Вентиляция приведёт нас в комнату с множеством быстрых хедкрабов и одной лазерной миной, которая установлена прямо под решёткой вентиляции. Чтобы не взорваться вместе с миной можно взять решётку (вторичная атака гравитационной пушкой) и бросить её на лазерный луч, предварительно отдалившись на безопасное расстояние от мины. Быстрых хедкрабов можно не спрыгивая расстрелять из той же гравитационной пушки.

Эту решётку Аликс откроет, правда наполовину. Быстро пополняем запасы в комнате и направляемся к следующей решётке — она скоро откроется, чтобы пропустить солдат Альянса. Далеко за решёткой стоят две турели, так что сразу не высовываемся. Как солдаты кончатся, бросаем турелям гранату, сундук с которыми остался в комнате.
После турелей, будет несколько солдат, и лучше всего кинуть им несколько гранат, нежели отстреливать из другого оружия. Силовое поле питается от розетки в комнате, но здесь гравитационная пушка не поможет. Выдернуть вилку из розетки можно только взрывом — закидываем гранату в комнату. За комнатой справа в углу притаилась турель, и ещё две далеко у стены. Гранаты тратить на них не обязательно. Первую можно опрокинуть гравитационной пушкой, а к остальным идти вообще не надо — наш путь пролегает через дверной проём слева, так что можно просто пробежать.

Заходим в комнату управления, о чём нам подсказывает Аликс. В следующие несколько минут эту комнату будут атаковать солдаты и мэнхаки, поэтому сразу же планируем оборону. Справа в шкафе есть две турели. Их перепрограммирует Аликс так, чтобы они стреляли в солдат (и в других противников). Поставить их лучше возле монитора — напротив одного из возможных путей штурма. Напротив другого встаём сами — можно засесть в шкаф.
Правильно поставленные турели не пропустят ни одного солдата из входа напротив монитора, но второй вход необходимо контролировать самому, чтобы солдаты не забежали внутрь и не перевернули турели. Мэнхака будет три. После нескольких неудачных попыток штурма со стороны солдат, придёт Аликс, точнее выпрыгнет из вентиляции с потолка. С этого пульта она найдёт Джудит Моссман, которая не только не находится в саркофаге, а вообще в сговоре с Уоллесом Брином!

Впрочем, план действий практически не изменился — всё так же необходимо добраться до портала Альянса. Идти опять придётся одному, потому что Аликс будет помогать отсюда, отключая силовые поля, мешающие нашему прохождению. После спуска будет несколько хедкрабов. Следующее помещение залито водой, вода под напряжением. Лезем на трубы слева, а с них прыгаем направо. Под лестницей, посередине помещения есть два ящика (с ними аккуратно, они хрупкие), которые необходимы, чтобы запрыгнуть на возвышение в конце пути.

Зомби живые. После их отстрела поднимаемся на предпоследний этаж и заходим в дверь. Следующий дверной проём забаррикадирован. Разберем завал гравитационной пушкой. Обе решётки закрыты, так что поднимаемся на уровень выше. Сверху убиваем троих солдат и спрыгиваем вниз. В шкафах есть три турели, которые надо поставить напротив одного из силовых полей — сейчас, как вы уже догадались, начнётся штурм, причём довольно серьёзный.
Главное не выходить на обстрел нескольким солдатам и не допускать окружения, а для этого необходимо бегать от одного входа к другому и отстреливать солдат по одному ещё на входе. В камеры заходить не надо — в неё могут закинуть гранату, хотя гранату можно подобрать и отбросить гравитационной пушкой.

После отражения, наверное, самой мощной атаки, нас догонит Аликс, и откроет следующую решётку. Дальше будем продвигаться вместе. За двойными белыми дверьми тоже много солдат, так что можно кинуть им пару гранат. Продвигаемся дальше и выше. Со следующего пульта Аликс найдёт Джудит Моссман и запрёт её. Идём за Аликс. После короткого разговора с Джудит все трое идём к порталу Альянса.

К сожалению всё проходит не так как планировалось: доктор Моссман вместе с Илаем Вэнсом сбегает неизвестно куда, а мы с Аликс остаёмся. Чтобы перезапустить портал необходимо несколько минут, в течение которых помещение будут атаковать солдаты. В шкафах, слева от входа, три турели. Расставляем их напротив силового поля на расстоянии друг от друга, чтобы возможным взрывом гранаты не сшибло все турели. Лучше поставить их с небольшим разворотом направо, чтобы они контролировали в какой-то степени и второй вход. Если они расставлены верно, то сквозь это силовое поле никто не пройдёт, да и через второе как минимум половина. Остаётся ещё один вход, который придётся охранять самому, вместе с Аликс.

Готовность портала можно оценивать по числу открывшихся под стеклом в полу ячеек. Через несколько минут портал будет готов к перемещению, о чём нам незамедлительно сообщит наш напарник и зайдёт в него. Заходим тоже. Если турели были расставлены верно, то все кто прибежит уже во время перемещения, погибнет. Кстати, среди прибежавших будет несколько из элиты Альянса, но нам опять не доведётся с ними сражаться.

Перемещение в пространстве происходит нормально — точно в лабораторию доктора Кляйнера, а вот со временем не совсем всё в порядке — пока мы перемещались, прошла неделя. За эту неделю, по словам Кляйнера, произошло много интересного. Барни решил организовать атаку на цитадель, и он рад, что в этом ему поможет Гордон Фриман, то есть мы. Доктор Кляйнер вновь потерял своего хедкраба, а Аликс обещает к нам присоединиться вновь, после того как поможет Кляйнеру.