В кабинете Брина, в который мы перемещались в начале игры два раза во время каскада перемещений, можно увидеть практически всех главных героев. Илай Вэнс, как и его дочь, как и Гордон Фримен, то есть мы, заключены в саркофагах. Джудит Моссман в сговоре с Брином, но из-за чувств, испытываемых к Илаю, пытается сохранить его жизнь. Брин имеет другую точку зрения на этот счёт. В сложившейся не простой ситуации Джудит предаёт теперь Брина и спасает всех остальных, по крайней мере, на какое-то время.

Брин сбегает, взяв с собой гравитационную пушку. Отправляемся вместе с Аликс за ним в погоню. Наверху Брин забывает гравитационную пушку, серьёзно увеличив этим наши шансы на победу. Брин пытается сбежать, переместившись отсюда. После его перемещения, если верить его обещаниям, здание цитадели заполниться ядовитыми частицами, и все умрут.

В общем, берём гравитационную пушку, поправляем здоровье и спускаемся за Брином. План действий таков: подняться наверх и уничтожить портал. Подниматься будем, обходя Брина (он в блестящем шаре по центру) против часовой стрелки. Проход справа откроется не сразу — ждём. Затем проходим три генератора, предварительно выбив из них энергетические шары. Далее на подвижной платформе поднимаемся выше и идём дальше.

Подходим ближе к центру и поднимаемся выше, оттуда ещё выше, и наконец, финальная платформа, на которой мы достигаем то самое место, откуда можно уничтожить портал. Уничтожить портал можно естественно только энергетическими шарами. Но портал спереди закрывает защитный каркас, поэтому отходим в крайнее левое или правое положение. Осложнять уничтожение портала будут два штурмовика, но их сбивать, во-первых, сложно, а во-вторых, совершенно не обязательно. Стреляем шарами по вращающимся частям портала. Уничтожить портал надо как можно быстрее, иначе Брин сбежит, а мы проиграем.

После ликвидации портала прибегает Аликс и говорит, что надо убираться отсюда, иначе…

В этом месте начинает разрушаться цитадель, но время останавливается. Останавливает его G-man, и говорит:

Время, Доктор Фримен?

Неужели опять пришло то самое время?

Кажется, что Вы только прибыли.

Вы сделали очень многое за короткое время.

Собственно, Вы настолько хороши, что я получил несколько интересных предложений на Ваш счет. В обычной ситуации я не стал бы их рассматривать. Но ведь ситуация весьма необычна.

Чем обманывать Вас иллюзией выбора, я сам возьму на себя эту привилегию, если… когда Ваше время придет опять.

Я прошу прощения за то, что кажется Вам деспотичным навязыванием своей воли, доктор Фримен. Я уверен, Вам все станет понятно после того, как… м-м-м…

Я не вправе сейчас говорить это.

Между тем… здесь я исчезаю.